1955 végén Szilágyi József csatlakozott Nagy Imre köréhez, akik a kommunista párt akkori politikájával több tekintetben nem értettek egyet. 1956 tavaszán a párt belső problémáit a Petőfi Kör nyilvánossága elé vitték, ahol az akkori felszólalások főként az értelmiséget és az ifjúságot a rendszer ellen hangolták. Szilágyi József is részt vett a rendezvényeken. Október 20-án Kecskeméten egy értelmiségi gyűlésen ismertette a Nagy Imre-csoport tevékenységét, a lengyel eseményekre utalva kifejtette, hogy hasonló úton kell az állami vezetésből eltávolítani a sztálinista elemeket. Október 22-én a műegyetem gyűlésén kétízben felszólalt, ahol támogatta a szegedi egyetemisták kezdeményezését: a Dolgozó Ifjúság Szövetségének (DISZ) feloszlatását, a Magyar Egyetemisták és Főiskolások Szövetségének (MEFESZ) megalakítását, valamint más egyetemi, gazdasági és politikai követelésekről is tárgyaltak. Felszólalásában ismertette a lengyel eseményeket, és párhuzamot vont a lengyel és a magyar helyzet között. A gyűlésen először hangzottak el szovjetellenes bekiabálások, ami a tömeget tüntetés irányába befolyásolta. Október 23-ára a budapesti egyetemisták felvonulást szerveztek, Szilágyi megkérte Kopácsi Sándort a Budapesti Rendőrfőkapitányság vezetőjét, hogy a rendőrség ne akadályozza meg a diákok megmozdulását. Ő is részt vett a Bem szobornál, a Parlementnél és a Sztálin szobornál lezajlott tüntetéseken, majd bement a főkapitányságra, hogy a felkelőkkel szemben meggátolja a fegyverhasználatot. Október 27-én többedmagával Nagy Imrét abba az irányba igyekeztek befolyásolni, hogy függetlenítse magát az MDP Központi Vezetőségétől és álljon a felkelők politikai követeléseinek élére. Annak érdekében, hogy elérje Nagy Imrénél a felkelők politikai elképzeléseinek következetes végrehajtását, október 28-ától Széll Jenővel megszervezte a miniszterelnöki titkárságot és elvállalta annak vezetését. Nem ismerte el, hogy az országban ellenforradalom van, hanem a történteket függetlenségi harcnak nevezte. November 4-én Nagy Imrével és társaival együtt családostól a jugoszláv nagykövetségre menekült. November 22-én azzal a garanciával hagyták el a követség épületét, hogy nem esik bántódásuk, de a szovjetek elfogták és a romániai Snagovba hurcolták őket.
HU ÁBTL 3.1.9. V-150000/85
HU ÁBTL 3.1.9. V-150000/90
HU MNL OL – XX-5-h – V-150000-003/1958
HU MNL OL – XX-5-h – V-150000/73-003/1958